Қишлоқ ва сув хўжалиги масалалари котибияти ишини мувофиқлаштиради, унга раҳбарлик қилади, амалга оширилаётган иқтисодий ислоҳотлар ва уларни жойларда назоратини, вилоят қишлоқ хўжалик корхоналари, ташкилотлари ишини ташкил этади ва раҳбарлик қилади.

Ўзбекистон Республикаси Президенти фармон, қарор ва фармойишлари, Вазирлар Маҳкамаси қарор, фармойишлари ҳамда вилоят ҳокимининг мазкур соҳага оид қарор ва фармойиш, кўрсатма ва топшириқлари бажарилишининг назорати ва ижросини таъминлайди.
Ҳукумат қарорлари билан белгиланган йўналишлар асосида қишлоқ ва сув хўжалиги тизимида иқтисодий ислоҳотларни чуқурлаштириш масалаларини мувофиқлаштириб боради.
Ерлардан самарали фойдаланиш, унинг мелиоратив ҳолатини яхшилаш, сув хўжалиги қурилиши ташкилотларини қўллаб қувватлаш масалаларига алоҳида эътибор қаратади.
Қишлоқ хўжалигида муҳим материал ва табиий ресурслар - экин майдонлари, суғориш суви, ёқилғи-энергетика, минерал хом ашё ва бошқа ресурслардан тежамли, самарали фойдаланишни таъминлаш, шунингдек, қишлоқ хўжалиги маҳсулотларини қайта ишловчи корхоналар ишларини мувофиқлаштирилиб борилишида ҳоким ўринбосарига кўмак бериб боради.
Қишлоқ ва сув хўжалиги соҳасидаги муаммолар ва камчиликлар бўйича олиб борилаётган ишларни таҳлил қилади, ҳоким ва унинг ўринбосарига ахборот бериб боради.
Вилоят ҳокими йиғилишлари, ҳоким соати ва бошқа йиғилишларга долзарб вазифалар, муаммолар бўйича масалалар киритади ва уни ижросини таъминлайди. Деҳқончилик, чорвачилик, қишлоқ хўжалик техникалари, сув хўжалиги, кимёлаштириш, уруғчилик, наслчилик, паррандачилик, балиқчилик, илмий ишлаб чиқариш, ер ресурслари, ўрмон хўжалиги ва бошқа соҳаларни ривожлантириш истиқболларини ушбу соҳа раҳбарлари билан биргаликда белгилайди.
Котибият ходимлари фаолиятига раҳбарлик қилади, ҳужжатларни сифатли ва ўз муддатларида тайёрланишини таъминлайди.
Қишлоқ хўжалик соҳасида кадрларини танлаш, жой-жойига қўйиш, ўқувини ташкил қилиш, малакасини ошириш, уларни мукофотлаш масалалари бўйича таклифлар киритади.
Жисмоний ва юридик шахсларнинг хат, ариза ва шикоятлари ҳамда таклифлари билан ишлайди ва бажарилишини таъминлайди.
Ҳокимлик аппаратининг бошқа ташкилий ишларида амалий ёрдам кўрсатади, котибият ходимлари учун шарт-шароитлар яратилишини таъминлашга кўмаклашади.
Қуйидаги ташкилотларнинг тегишли масалалари кўриб чиқилишини таъминлайди:
Вилоят Қишлоқ хўжалиги бошқармаси;
Зарафшон ирригация тизимлари ҳафза бошқармаси;
Вилоят “Агросервис МТП” МЧЖ;
“Самарқандагрокимёҳимоя” ҲАЖ;
Зарафшон ирригация тизимлари ҳавза бошқармаси ҳузуридаги насос станциялари ва энергетика бошқармаси;
Зарафшон ирригация тизимлари ҳавза бошқармаси ҳузуридаги Мелиоратив экспедиция;
Вилоятдаги сув хўжалиги тизимига хизмат кўрсатувчи корхоналар, буюртмачи ва лойиҳа ташкилотлари;
Сув хўжалиги қурилиши тизимидаги корхоналар (мелиорация йуналиши);
“Самарқанд-Қоракўл” уюшмаси;
“Самарканд ҳудудий агро пилла” МЧЖ;
Вилоят Урмон хўжалиги бошқармаси;
Вилоят Экология ва атроф муҳитни муҳофаза қилиш бошқармаси;
Балиқчилик хўжаликлари;
“Самарқанддонмаҳсулотлари” АЖ (дон харид қилиш, уруғлик билан таъминлаш йўналиши бўйича);
Вилоят Фермер, деҳқон хўжаликлари ва томорқа ер эгалари кенгаши;
Вилоятдаги наслчилик ва уругчилик ташкилотлари;
Вилоят Давлат ветеринария бошқармаси:
Вилоят Ep ресурслари ва давлат кадастр бошқармаси;
Вилоят Усимликлар карантини давлат инспекцияси;
Пахтачилик илмий-тадқиқот институтининг Самарқанд филиали;
Сувдан фойдаланувчилар уюшмалари;
Вилоятдаги фермер хўжаликлари.