XIV-XV асрларда - темурийлар даврида Моворауннаҳрда обод пойтахтга эга бўлган кучли давлат юзага келди. Бу давлатнинг пойтахти бўлган Самарқандда йирик қурилиш ишлари авж олди. Унда Шарқ халқларининг меъморчилик тажрибаси ва халқ анъаналари мужассамлашган эди. 

Жомеъ масжид Марказий Осиёда энг йирик иншоотлардан бири ҳисобланади. Амир Темур даврининг тарихчиси Ғиёсиддин Али Яздийнинг ёзишича, «…801 йилнинг рамазони шариф ойининг тўртинчи кунида (1399 йил 10 май) масжид учун пойтахтнинг энг яхши жойини Амир Темур танлади. Машҳур усталар ва меъморлар бу улкан иморатнинг лойиҳасини туздилар ва энг саодатли дақиқада унинг пойдеворини қура бошладилар…»

Мазкур масжид тарихи ҳақида Абу Тоҳирхожа ўзининг «Самария» асарида шундай ёзади: «Амир Темур Кўрагоннинг жомеъ масжиди шаҳар ичида, (унинг) шимол томонида, Ҳазрати Шоҳ (Дари Оҳанин) дарвозасининг яқинидадир»... Жомеънинг равоқи устида: «Амир Тарағай ўғли буюк ҳоқон Амир Темур Кўрагони 801 йилда ушбу жомеънинг солинишига амр қилди», деб ёзилган. Жомеъ дарвозасининг нақшида эса қуйидаги ёзув бор: «Ушбу жомеъни битказишга 806 йилда (мелодий 1404) муваффақ бўлинди».

жомеънинг эшиги икки табақалик бўлиб, хуло (биринжи, мис ва рух бирга қўшилиб эритилса, хуло бўлади) қуюлган ва усталар жомеънинг кирар ерига пўлод қалам учи билан жуда ҳам гўзал табиатли нақшлар қилган. Жомеъ эшиги устида ёзилган байт. Унинг мазмуни қуйидагича: «Халқ кафтида бори алдов ва ҳавасдир. Иш дунёнинг ёлғиз эгаси бўлган тангрининг ихтиёридадир».

Жомеъ масжидининг умумий саҳни 167x109м, бурчакларида баланд миноралар бўлган ва ҳозирги даврда бу миноралар қайта тикланди. Жомеъ масжиди қаровсизлик ва зилзилалар таъсирида аста-секин емирилиб вайрон бўлган, фақат шимоли-ғарбий миноранинг пастки қисмигина сақланиб қолган бўлиб, унинг баландлиги 18,2 м. дир Бибихоним жомеъ масжиди пойдевори харсанг тошдан, деворлари пишиқ ғиштдан ишланган (қалинлиги 4,4 - 5 м).

Таъмир-тиклашга қадар жомеъ масжиди бир-бири билан боғланмаган 6 та меъморий бўлаклардан иборат эди. Ҳовлининг тўрида меҳробли ва баланд пештоқли бино, икки ёнида унинг кичик нусхаси, пойида масжиднинг иккига бўлинган пештоқи ва шимоли-ғарбда алоҳида сақланиб қолган минора бўлган. Илгари бу бўлаклар уч қатор оқ мармар устунли, енгил равоқли пешайвонлар билан бирлашган ва улар тепасида гумбазчалар (400 та) бўлган. Устунлар 480 та (оралиги 3,5 м) бўлиб, тагкурсили, танаси ўйма нақш, тепаси рангли кошинлар билан ишланган, муқарнаслар билан безалган (ҳозир улар тупроқ остида кўмилиб кетган, археологик қидирув ишлари натижасида устунлар, тагкурсилар ва майда косачалардан иборат муқарнасли устуннинг боши топилган). Ҳар бири ташқи дарвозанинг пешайвони бор.

Жомеъ масжидининг ҳовли саҳнига мармартош тахталар ётқизилган. Ҳовли ўртасида мармар тошдан ясалган улкан лавҳ (Қуръон ўқиладиган махсус мослама) бор, у дастлаб асосий бино ичида турган 1875 йилда катта гумбазнинг қулашидан хавфланиб, ҳовли ўртасига чиқариб қўйилган. Унинг атрофи нафис ҳошиялар, муқарнаслар, ўсимликсимон нақшлар ва ёзувлар билан безалган. Лавҳ Улуғбек фармонига биноан XV аср ўрталарида ясалган. Унга «Султони азим, олий ҳимматли ҳоқон, дину-диёнат ҳомийси, Ҳанафия мазҳабининг посбони, аслзода султон ибн султон, амири мўъмин Улуғбек Кўрагон» деган ёзув битилган.

Жомеъ масжидга кираверишдаги пештоқнинг юқори қисми 1897 йилги зилзила пайтида қулаган.

Пештоқ маҳобатли бўлиб, ўртасида кенглиги 18,8 метрли равоқ бор. Ён томонларидаги миноралар пештоқдан баланд. Пештоқнинг ички томонида кичикроқ равоқ ўрнашган. Унда ўйма мармар ҳошияли дарвоза бўлган. Унинг устидаги лавҳасида масжиднинг қурилган йили ва Амир Темур шажараси ёзилган. Қўш тавақали дарвоза етти хил темир қотишмаси «ҳафт жўш»дан ясалган. Кейинчалик йўқолиб кетган. Пештоқнинг ён қанотларида иккита айланма зина бўлиб, зинадан юқорига- кунгура равоқли майдончага чиқилган ва ундан минорага ўтилган. Пештоқнинг кенг юзаси жилвали кошинлар, ранг-баранг, қалқон шаклидаги нақшлар билан безатилган.

Жомеъ масжидининг асосий меҳробли биноси Амир Темур замонасининг меъморий услублари ҳақида тасаввур беради.

Асосий бинонинг олд томонида пештоқ, марказида равоқ ва бурчакларида иккита кўп қиррали минора бор.

Пештоқ орқасидаги хона оддий, аммо салобатли ҳандасавий шакллар йиғиндисидан иборат. Кубсимон призма бинонинг асосий ҳажми, томонлари 14,6 м га тенг. Унинг устида хона деворлари бўйлаб ўтувчи равоқлардан иборат саккиз қиррали призма бор.

Гумбазнинг доирали асоси сиртига Қуръон оятлари битилиб, усти феруза кошинлар билан пардозланган гумбаз билан беркитилган. Унинг кириш томонлари ҳам, бош пештоқ каби ранг-баранг кошинлар билан қопланган, сопол ғиштчалар ётиқ, сирланган рангли ғиштчалар тик терилган. Асосий нақш шакллари тиниқ, ложувард ғишчалардан терилиб, уларнинг оралиғи зангори ғиштчалар, оқ тошлар билан тўлдирилган. Оддий ҳандасавий шакллар ва печак каби чирмашиб кетган ёзувлар, бино безагининг таркибий қисмини ташкил этади.

Меҳробли бинонинг баланд миноралари сатҳи тўрт бурчакли кичик изора тахталарга бўлинган. Ҳандасавий шакл ва ўсимликсимон нақшлар панноларни безаган. Улар парчинкорлик, кошинкорлик услубида ишланган. Пештоқ деворининг юзаси кесма кошин билан қопланган.

Бу кошинлар (айниқса кўк ранглилари) тиниқ шиша каби ялтираб туради. Масжид ёнидаги икки кичик бино меҳробли хонанинг, асосан, кичик ҳажмдаги такрори бўлса-да, нақшларининг соддалиги ва гумбазининг кунгурадорлиги билан фарқланади. Жомеъ масжидининг ички қисмини пардозлашда наққошлик безаклари қаторида зарҳал бўртма гулқоғоздан кенг фойдаланилган.

Амир Темур жомеъ масжидида кейинги даврда жуда катта ҳажмдаги таъмирлаш ишлари олиб борилди. Масжиднинг олд катта равоғи, масжид биносини ўраб турган баланд девор, икки кичик гумбаз ва миноралари, ички катта гумбаз ва катта равоқ таъмирланди ва ундаги барча кошин нақшлар қайта тикланди.