Қуйидагилар агентликнинг асосий вазифалари ҳисобланади: 

• автомобил ва дарё транспортида юк ва йўловчилар ташишни ташкил этиш ва такомиллаштириш, шунингдек автомобилда ташувлар ва автомобил транспорти объектлари хавфсизлигини ташкил этиш бўйича норматив-ҳуқуқий база шакллантирилишини таъминлаш;
• иқтисодиёт тармоқлари ва аҳолининг ташувларга бўлган эҳтиёжларини ҳисобга олган ҳолда автомобил ва дарё транспортини ривожлантиришнинг комплекс дастурларини, шунингдек автомобил транспорти хавфсизлигини таъминлаш чора-тадбирларини ишлаб чиқиш ва амалга ошириш, жамоат автомобил ва дарё транспорти фаолиятини мувофиқлаштириш;
• автомобил ва дарё транспорти хизматлари бозорида бозор муносабатларини ва рақобат муҳитини ривожлантириш учун қулай шарт-шароитларни таъминлаш;
• автомобил ва дарё транспорти соҳасида ягона техника сиёсатини ўтказиш;
• автомобил ва дарё транспортида юк ва йўловчилар ташишни лицензиялашни амалга ошириш, лицензиатлар томонидан лицензия талаблари ва шартлари бажарилишини назорат қилиш;
• автомобил ва дарё транспортида кадрларни ўқитиш ва уларнинг малакасини оширишни шу жумладан транспорт хавфсизлигини таъминлаш масалалари бўйича ташкил этиш;
• маҳаллий давлат ҳокимияти ва бошқаруви органларига, Ўзбекистон Республикаси Мудофаа вазирлиги ва Фавқулодда вазиятлар вазирлигига сафарбарлик вазиятида ва фавқулодда вазиятларда автомобил транспорти махсус бўлинмалари фаолиятини мувофиқлаштиришда кўмаклашиш.

Агентлик ўзига юкланган вазифаларни бажариш учун қуйидаги функцияларни амалга оширади:

а) автомобил ва дарё транспортида юк ва йўловчилар ташишни ташкил этиш ва такомиллаштириш бўйича норматив-ҳуқуқий база шакллантирилишини таъминлаш соҳасида:

• автомобил ва дарё транспортида юк ва йўловчилар ташишни ташкил этиш ва автомобил транспорти объектлари хавфсизлигини таъминлаш бўйича норматив-ҳуқуқий ҳужжатларни ишлаб чиқади ва тасдиқлайди, бошқарув органлари ва хўжалик юритувчи субъектлар томонидан уларга риоя этилиши устидан назоратни амалга оширади;
• автомобил ва дарё транспортидан фойдаланиш соҳасида халқаро шартномаларни ишлаб чиқишда Ўзбекистон Республикаси номидан қатнашади;
• агентлик ваколатига кирувчи масалалар бўйича бошқа давлатлар маъмуриятлари ва тузилмалари билан ўзаро ҳамкорлик қилади;
• автомобил ва дарё транспорти шу жумладан автомобил ташувлари хавфсизлигини таъминлаш фаолиятининг норматив базасини такомиллаштириш, амалдаги халқаро автомобил йўлакларидан самарали фойдаланиш ва уларнинг янгиларини барпо этиш бўйича таклифларни кўриб чиқиш учун давлат органларига киритади;
• вазирликлар ва идораларнинг норматив-ҳуқуқий ҳужжатлари, дастурлар, шунингдек тармоқларни ривожлантириш бўйича бошқа ҳужжатлар лойиҳаларининг агентлик фаолиятига оид қисмини эксперт баҳолайди ва уларга розилик беради;

б) иқтисодиёт тармоқлари ва аҳолининг юк ва йўловчилар ташишга эҳтиёжларини ҳисобга олган ҳолда автомобил ва дарё транспортини ривожлантириш комплекс дастурларини ишлаб чиқиш ва амалга ошириш соҳасида:

• автомобил ва дарё транспортини ривожлантириш комплекс дастурларини, шунингдек автомобил транспорти хавфсизлигини таъминлаш чора-тадбирларини ишлаб чиқиш ва амалга оширишни ташкил қилади;
• жамоат автомобил ва дарё транспорти фаолиятини мувофиқлаштиради;
• Ўзбекистон Республикаси Ички ишлар вазирлиги билан биргаликда Қорақалпоғистон Республикаси Вазирлар Кенгаши, вилоятлар ҳокимликлари таклифлари асосида ишлаб чиқилган йўловчилар ташишнинг халқаро ва вилоятлараро йўналишларини тасдиқлайди;

в) автомобил ва дарё транспорти хизматлари бозорида бозор муносабатларини ва рақобат муҳитини ривожлантириш учун қулай шарт-шароитларни таъминлаш соҳасида:

• ташиш йўналишларини тендер асосида реализация қилиш механизмларини жорий этади, тендер ташкилотчилари ишларини мувофиқлаштиради;
• йўловчилар ташиш бўйича шаҳарлараро-вилоятлараро ва халқаро йўналишларни жойлаштириш юзасидан очиқ тендерларни ташкил этади ва ўтказади;
• Ўзбекистон Республикаси Молия вазирлиги билан биргаликда автомобил ва дарё транспорти хизматлари учун тариф сиёсатини шакллантиради;

г) ягона техника сиёсатини ўтказиш соҳасида:

• халқаро нормаларни ҳисобга олган ҳолда автомобилда ва дарёларда ташишлар бўйича фаолиятни тартибга солиш стандартлари, қоидалари, шакллари ва усуллари юзасидан маълумотларнинг ягона ахборот базасини шакллантиради, илмий-техник ишларни олиб боради;
• сувда кишиларнинг ҳаёти кўрикланишини ва кемалар сузиши хавфсизлигини таъминлайдиган кемалар ва сузиб юрувчи қурилмаларни лойиҳалаштириш, улардан фойдаланиш, уларни таъмирлаш ва қайта жиҳозлаш талаблари бажарилишини қонун ҳужжатларида белгиланган тартибда назорат қилишни ташкил этади ва амалга оширади;
• фойдаланилаётган кемалар ва сузиб юрувчи қурилмаларни ҳисобга олади, таснифлайди, рўйхатдан ўтказади, Регистр қоидалари ва шунингдек кемалар ва сузиб юрувчи қурилмаларни таъмирлашга доир бошқа норматив ҳужжатлар қоидалари бажарилишини назорат қилади;
• кемаларга ва сузиш воситаларига кема гувоҳномалари, малака гувоҳномалари, сузишга яроқлилик тўғрисидаги гувоҳномани, нефт, оқова сувлар ва ахлат билан ифлосланишнинг олдини олиш тўғрисидаги гувоҳномани ҳамда Регистр қоидаларида назарда тутилган бошқа ҳужжатларни беради;
• автомобил ва дарё транспортида хавфли юклар, қурол-яроғ, ҳарбий техника, ҳарбий мол-мулк, портловчи моддалар ва буюмлар, шунингдек ҳарбий контингентлар транзити амалга оширилганда хулосалар беради;

д) қонун ҳужжатларида белгиланган тартибда автомобил ва дарё транспортида фаолиятни лицензиялашни, лицензиатлар томонидан лицензия талаблари ва шартларига риоя этилиши устидан назоратни амалга оширади, лицензиялар реестрини юритади;

д1) Тошкент шаҳрида ва Тошкент вилоятида йўловчилар ташиш транспортидан ташқари, шаҳар йўловчи, автомобил ва дарё транспорти соҳасида ташувчиларнинг йўловчилар ҳаёти, соғлиғи ва (ёки) мол-мулкига зарар йетказганлик учун қонунда белгиланган ўз фуқаролик жавобгарлигини мажбурий суғурта қилиш бўйича мажбурияти бажарилишини назорат қилишни амалга оширади;

е) автомобил ва дарё транспортида кадрларни ўқитиш ва уларнинг малакасини оширишни шу жумладан транспорт хавфсизлигини таъминлаш масалалари бўйича ташкил этиш соҳасида оммавий касбларга, шу жумладан ҳайдовчиликка тайёрлаш ва қайта тайёрлаш ҳамда тармоқ кадрлари малакасини ошириш бўйича базавий ўқув дастурларини ишлаб чиқади ва тасдиқлайди.

Агентлик ўзига юкланган вазифалар ва функцияларни бевосита, шунингдек ҳудудий бўлимлар, ўзига қарашли бошқа органлар ва муассасалар орқали ҳал этади.